Среди наших самых древних предков существовало по меньшей мере две человеческие линии — так называемые «фантомные предки».
Исследователи разработали методологию, которая позволяет определить, основываясь только на современных образцах ДНК, с кем скрещивались наши далёкие предки. Уже установлено, что это были не только неандертальцы и денисовцы. Алгоритм анализа генетических данных TRACE (TRacking Archaic Contributions via ARG Estimation — отслеживание архаических вкладов посредством оценки графов рекомбинации предков) описан на страницах.
Авторы исследования установили, что среди наших самых древних предков существовало ещё по меньшей мере две человеческие линии — некие «фантомные предки».
В случае любого современного человека их доля в ДНК составляет от 0,5% до 1%, уточняет вычислительный биолог Юлини Чиан, главный автор работы.
Однако у разных людей сохранились разные фрагменты этой ДНК и, что ещё важнее, они распределены в геноме довольно равномерно.
«Фантомная примесь присутствует почти во всех регионах генома», — подтверждает эволюционный генетик Прия Мурджани, координировавшая исследование.
Это означает, что, если бы удалось объединить все фрагменты, теоретически можно было бы реконструировать почти весь геном этого фантомного предка, хотя авторы пока не предприняли такой попытки.
Алгоритм был протестирован: он работает
Это не первое исследование, обнаружившее генетические следы «фантомного предка», однако новый подход гораздо эффективнее. Он основан на построении «генеалогического древа» для отдельных сегментов генома — задача, которая стала возможной лишь недавно благодаря росту доступной вычислительной мощности. Эффективность метода была продемонстрирована тем, что удалось извлечь ДНК неандертальцев и денисовцев, основываясь исключительно на геномах современных людей.
Лишь небольшая часть геномов неандертальцев и денисовцев сохранилась в нас в совокупности. «Длинные участки генома либо полностью лишены неандертальской и денисовской примеси, либо содержат её в крайне малых пропорциях. И именно в этих участках нам удалось обнаружить довольно высокие доли фантомной примеси», — объясняет популяционный генетик Арджун Бидданда из Университета Джонса Хопкинса, ещё один главный автор.
По мнению исследователей, это связано с тем, что популяции неандертальцев и денисовцев были немногочисленными, в малых группах вредные мутации накапливаются чаще. «Скорее всего, именно против неандертальской и денисовской примеси в этих участках действовал